شهدت العلاقات بين القاهرة وجوبا توترا ملحوظا خلال العامين الماضيين، في ظل تقارب جنوب السودان مع إثيوبيا وإسرائيل في ملفات تعدها مصر مرتبطة بأمنها القومي ومصالحها الإستراتيجية، رغم ما قدمته القاهرة من مساعدات وتسهيلات وامتيازات للجنوبيين داخل مصر.